(KTSG) - Việc hoàn thiện khung pháp lý, đặc biệt tại Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp 2025 và các nghị định liên quan, đã tạo ra nhiều thay đổi trong chi tiêu khoa học, công nghệ của doanh nghiệp.
Không chỉ cụ thể hóa các khoản chi, chính sách mới còn thiết kế các cơ chế ưu đãi mạnh như chi phí nghiên cứu và phát triển được tính đến 200% số chi thực tế. Tuy nhiên, đi kèm với đó là yêu cầu chặt chẽ hơn về nội dung được chi, hồ sơ chứng từ và quản lý Quỹ Phát triển khoa học, công nghệ, đặt ra yêu cầu doanh nghiệp phải thay đổi cách tiếp cận trong tổ chức thực hiện.
- Việt Nam thực hiện 26 hành động chiến lược để sớm rời 'danh sách đen' về thuế của EU
- Ranh giới giữa 'lẩn tránh thuế phòng vệ thương mại' và 'tận dụng hợp pháp quy tắc xuất xứ ưu đãi'
Thay đổi về chi phí được trừ
Pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) trước đây không có quy định về chi phí trực tiếp cho khoa học, công nghệ (KHCN). Thay vào đó, doanh nghiệp được phép trích lập Quỹ Phát triển khoa học, công nghệ (Quỹ KHCN) tối đa 10% thu nhập tính thuế và phần trích này được trừ khi tính thuế TNDN.
Sau khi đã trích lập, việc sử dụng Quỹ KHCN thực hiện theo quy định tại Thông tư 05/2022/TT-BKHCN. Bên cạnh đó, Thông tư 78/2014/TT-BTC mở thêm cơ chế cho phép được tính trừ với phần chi vượt số dư quỹ. Quy định này đã được “linh hoạt” vận dụng theo hướng nếu doanh nghiệp không trích lập quỹ thì toàn bộ số chi cho KHCN được tính trừ. Thực tế quá trình triển khai áp dụng thông tư này chưa thấy có trường hợp nào cơ quan thuế loại chi phí về khoa học, công nghệ ra khỏi chi phí được trừ.
Đến Luật Thuế TNDN 2025, khoản chi cho KHCN đã được quy định rõ ràng ngay tại cấp luật. Cụ thể, chi phí được trừ gồm hai khoản chi liên quan. Thứ nhất là khoản chi cho nghiên cứu khoa học, phát triển công nghệ và đổi mới sáng tạo, chuyển đổi số (sau đây gọi là “chi KHCN”) thuộc nhóm “khoản chi thực tế phát sinh khác”. Thứ hai là chi phí hoạt động nghiên cứu và phát triển (sau đây gọi là “chi R&D”) được trừ nhiều hơn so với thực tế phát sinh, thuộc nhóm “khoản chi thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh”.
Đây là lần đầu tiên pháp luật thuế cho phép tính trừ chi phí vượt mức thực tế phát sinh với mức tối đa theo Nghị định 320/2025/NĐ-CP lên tới 200% (cần đảm bảo sau khi trừ không bị lỗ). Tức là, doanh nghiệp chỉ bỏ ra 100 đồng nhưng được trừ đến 200 đồng khi tính thuế. Bên cạnh đó, doanh nghiệp vẫn được trích Quỹ KHCN như trước đây. Tỷ lệ trích tối đa được nâng từ 10% lên 20%. Tuy nhiên, cần lưu ý rằng không còn quy định chi từ Quỹ KHCN nếu vượt số dư quỹ thì được tính vào chi phí được trừ.
Doanh nghiệp muốn tận dụng hiệu quả ưu đãi thuế cần chủ động chuẩn hóa quy định nội bộ, phân loại chi phí ngay từ đầu và kiểm soát đầy đủ hồ sơ chứng từ. Đồng thời, việc trích lập và sử dụng Quỹ KHCN cần gắn với kế hoạch thực tế để tránh rủi ro thuế trong tương lai. Trong bối cảnh đó, năng lực quản trị nội bộ sẽ là yếu tố quyết định để biến chính sách ưu đãi thành lợi ích cụ thể, đồng thời hạn chế rủi ro tuân thủ.
Như vậy, chi phí liên quan đến KHCN có thể chia thành ba nhóm như sau: (1) được trừ, đồng thời được trừ bổ sung đến 200% thực tế (chi R&D); (2) được trừ nhưng không được trừ bổ sung (chi KHCN); (3) không được trừ nhưng có thể chi từ Quỹ KHCN. Pháp luật về thuế TNDN không quy định cụ thể các khoản chi thuộc từng nhóm này mà dẫn chiếu tới pháp luật về KHCN.
Cụ thể, nội dung chi của từng nhóm theo Nghị định 265/2025/NĐ-CP của Chính phủ (Nghị định 265) về tài chính và đầu tư trong KHCN và đổi mới sáng tạo được quy định như sau: nhóm (1) thực hiện theo điểm a khoản 2 điều 15; nhóm (2) thực hiện theo khoản 2 điều 15 (điểm b, c và d); trong khi nhóm (3) thực hiện theo điều 13.
Lưu ý và khuyến nghị
Việc phân tầng ba nhóm chi phí nêu trên đặt ra yêu cầu tổ chức kiểm soát chi phí ngay từ đầu để tận dụng tối đa các ưu đãi và đảm bảo tuân thủ các điều kiện. Dưới đây là một số lưu ý thực tiễn.
Thứ nhất, rà soát các khoản chi về KHCN tại quy chế nội bộ của doanh nghiệp để loại bỏ, thay đổi hoặc bổ sung các khoản chi cho phù hợp với Nghị định 265. Cũng nên điều chỉnh về diễn đạt khoản chi để từ ngữ trong quy định nội bộ khớp với Nghị định 265 nhằm hạn chế rủi ro cũng như tránh mất thời gian giải trình trong thanh, kiểm tra. Ví dụ, Nghị định 265 không còn quy định về chi cho sáng kiến nhưng doanh nghiệp lại có thể chuyển khoản chi này sang chi thực hiện hoạt động đổi mới sáng tạo (với điều kiện sáng kiến thỏa mãn các điều kiện theo quy định).
Thứ hai, phân loại các khoản chi liên quan đến KHCN vào ba nhóm nêu trên để kế toán (hạch toán vào chi phí hoặc từ Quỹ KCHN) và kê khai thuế TNDN phù hợp. Một số khoản chi có thể phù hợp cho cả nguồn chi phí và Quỹ KHCN nên cần có hướng dẫn nội bộ phân tách rõ ràng để tạo thuận lợi cho các bộ phận khi triển khai. Doanh nghiệp nên ban hành quy chế nội bộ để nêu rõ tài khoản chi của từng nhóm kèm nội dung chi được phép. Có thể cân nhắc mở tài khoản hạch toán riêng để theo dõi khoản chi được trừ bổ sung (nhóm 2) nhằm tạo thuận lợi cho tính thuế TNDN cuối năm.
Thứ ba, xây dựng quy chế chi tiêu, sử dụng Quỹ KHCN và có thể kết hợp vào quy định chung về chi cho khoa học và công nghệ tại doanh nghiệp. Mặc dù không có quy định bắt buộc ban hành quy chế một cách cụ thể, Nghị định 265 vẫn có yêu cầu khoản chi từ Quỹ KHCN phải có chứng từ theo quy chế chi tiêu, sử dụng quỹ. Vì vậy, nếu không có quy chế, doanh nghiệp sẽ khó giải trình với cơ quan thuế khi bị hỏi chứng từ dựa trên cơ sở nào.
Nghị định 265 cũng yêu cầu lưu trữ hồ sơ chứng minh cụ thể cho các khoản chi thuộc nhóm 1 (đề xuất, báo cáo, hợp đồng..., theo điểm đ và e khoản 2 điều 15). Theo đó, một quy định nội bộ xác định rõ người thực hiện, các bước thực hiện, yêu cầu về hồ sơ, địa điểm và thời gian lưu trữ… sẽ tránh được rất nhiều rắc rối về sau. Điều này cũng tạo thuận lợi cho quá trình triển khai và xác định rõ trách nhiệm trong trường hợp không tuân thủ.
Thứ tư, lập kế hoạch chi từ Quỹ KHCN để trích lập Quỹ KHCN phù hợp. Theo pháp luật thuế TNDN, trong thời hạn năm năm, nếu Quỹ KHCN không được sử dụng hoặc sử dụng không hết 70% hoặc sử dụng không đúng mục đích thì phải nộp thuế TNDN tính trên các khoản này và phần lãi phát sinh từ số thuế TNDN tương ứng. Như vậy, nếu trích quá nhiều mà dùng không hết, doanh nghiệp phải chịu thêm tiền lãi. Theo đó, phương án tối ưu là chỉ trích lập số tiền phù hợp với dự kiến phát sinh và điều chỉnh theo thực tế vào cuối năm nếu cần.
Thứ năm, rà soát để điều chỉnh kê khai thuế đối với các khoản chi năm 2025 không phù hợp với Nghị định 265. Nghị định 320/2025/NĐ-CP quy định chi tiết Luật Thuế TNDN năm 2025 có hiệu lực muộn nhất là từ ngày 15-12-2025 hoặc sớm hơn (tùy lựa chọn của doanh nghiệp theo điều 24). Việc áp dụng Nghị định 265 để xác định nội dung được chi cũng bắt đầu từ thời điểm hiệu lực này.
Theo đó, trong năm 2025 (ít nhất là trong giai đoạn từ ngày 15 đến 31-12-2025) có thể tồn tại các khoản chi cho KHCN chưa phù hợp với quy định mới về nội dung chi hoặc về hồ sơ, chứng từ. Vì vậy, tốt hơn hết là doanh nghiệp chủ động rà soát trước để bổ sung hồ sơ, đáp ứng đầy đủ các điều kiện hoặc khai giảm chi phí được trừ, thay vì để cơ quan thuế phát hiện sẽ phải chịu thêm tiền phạt.
Kết lại, doanh nghiệp muốn tận dụng hiệu quả ưu đãi thuế cần chủ động chuẩn hóa quy định nội bộ, phân loại chi phí ngay từ đầu và kiểm soát đầy đủ hồ sơ chứng từ. Đồng thời, việc trích lập và sử dụng Quỹ KHCN cần gắn với kế hoạch thực tế để tránh rủi ro thuế trong tương lai. Trong bối cảnh đó, năng lực quản trị nội bộ sẽ là yếu tố quyết định để biến chính sách ưu đãi thành lợi ích cụ thể, đồng thời hạn chế rủi ro tuân thủ.
